Opća karakteristika perioda od formiranja Univerziteta, 11. februara 1977. godine do 1992. godine jeste njegova institucionalizacija, stvaranje materijalnih pretpostavki za razvoj, okupljanje naučno-nastavoga kadra, organiziranje obrazovanja na savremenim principima. Od aprila 1992. godine do 9. maja 1993. godine Univerzitet "Džemal Bijedić" doživljava mnoge neregularne i nasilno provedene izmjene, praktično gubi svoju autonomiju. 
U maju 1993. godine ratna dejstva i oduzimanje cjelokupne imovine Univerziteta (zgrada, opreme, biblioteke, objekata studentskog standarda), koja je ostala u posjedu novoformiranog Sveučilišta u Mostaru, su doveli do privremenog prekida nastavno-naučnog procesa. Ovaj je proces na Univerzitetu nastavljen u novembru 1993. godine, kada su za to stvoreni osnovni uslovi. U to je vrijeme malobrojno nastavno i administrativno osoblje imalo veliki broj problema, ali su ih uz pomoć tadašnjih organa vlasti i uz velike vlastite napore i odricanja uspijevali riješiti. 
Univerzitet je uspio do danas djelimično riješiti određeni broj problema, tako da su uslovi za rad povoljniji nego u prethodnom periodu. 
Na Univerzitetu je sada zaposleno 250 nastavnika i saradnika, a za izvođenje nastavnog procesa su angažovana 222 nastavnika i saradnika sa drugih univerziteta. U akademskoj 2008/2009. godini na Univerzitetu je upisano oko 12.000 studenata. 
Na nekim visokoškolskim ustanovama izvršene su promjene, a pri Univerzitetu formiralni studiji su prerasli u zasebne fakultete. Naime, Studij za jezike je prerastao u Fakultet humanističkih nauka, Studij informatike u Fakultet informacijskih tehnologija i Studij agromediteranskih kultura u Agromediteranski fakultet. Ekonomski fakultet se transformisao u Fakultet za poslovni menadžment, Pedagoška akademija u Nastavnički fakultet, Mašinski fakultet je uveo odsjek za kompjuterski inžinjering, a Pravni fakultet je uveo nove smjerove na dvogodišnjem studiju: Poslovna administracija, Upravljanje javnom upravom i Privrednopravno poslovanje. 
Nastavno-naučni proces se izvodi u oko 4500 m² učioničkog, laboratorijskog i kabinetskog prostora u okviru kampusa (bivša vojna kasarna «Sjeverni logor»). Ovako mali prostor je jedan od ozbiljnih ograničavajućih faktora razvoja Univerziteta, ali ovaj kampus sa postojećim sadržajima je idealan za smještaj svih potrebnih sadržaja jednog savremeno uređenog Univerzitetskog centra za što će se Univerzitet u budućnosti i zalagati. 

Univerzitetska biblioteka, koja je ostala bez zgrade i cjelokupnog knjižnog fonda, danas je smještena u za tu svrhu napravljenom i opremljenom prostoru, sa stalnim povećanjem knjižnog fonda. 
Od objekata studentskog standarda, umjesto ranijeg savremenog studentskog doma kapaciteta 550 ležaja uz niz pratećih sadržaja i mogućnosti pripreme do 1200 obroka dnevno, studenti danas na prostoru kampusa imaju na raspolaganju dva adaptirana paviljona, koja su u funkciji studentskog doma-kapaciteta 60 ležaja, prostora za učionicu i čajne kuhinje. Ishrana studenata smještenih u Domu je organizovana u restoranu “Crvenog krsta”, koji se nalazi u neposrednoj blizini. U adaptiranom Domu “Vakuf Darulilm”, također u okviru kampusa, smješteno je 25 studentica. 

U februaru 2003.godine Savjet Univerziteta usvojio Plan institucionalnog razvoja Univerziteta “Džemal Bijedić” u Mostaru u periodu 2003. – 2010. godina. 
Brojne slabosti koje su se ispoljile u dosadašnjoj organizaciji i upravljanju Univerzitetom dovele su do spoznaje o nužnosti provođenja procesa reforme visokog obrazovanja. Uvođenjem novih oblika organizacije i integracije i promjenama u upravljanju, Univerzitet će udovoljiti zahtjevima za harmonizacijom sistema visokog obrazovanja i biće u stanju uključiti se, kao ravnopravan partner, u međunarodnu univerzitetsku mrežu.